โครงสร้างส่วนงานขององค์การตลาดเพื่อเกษตรกร แบ่งส่วนงานออกเป็น 8 ฝ่าย/สำนัก และสำนัก/กอง/สำนักงาน/กลุ่มงาน จำนวน 30 หน่วยงาน ภายใต้การบังคับบัญชาของผู้อำนวยการ

และรองผู้อำนวยการ 3 ตำแหน่ง ประกอบด้วย​

• สายการบังคับบัญชาที่ขึ้นตรงกับผู้อำนวยการ ประกอบด้วย สำนักผู้อำนวยการ สำนักนโยบายและแผน และสำนักตรวจสอบภายใน โดยอยู่ภายใต้การกำกับของคณะตรวจสอบภายใน

• สายการบังคับบัญชาที่ขึ้นตรงกับรองผู้อำนวยการตามที่ผู้อำนวยการมอบหมาย ประกอบด้วย ฝ่ายบริหาร ฝ่ายการเงินและบัญชี ฝ่ายธุรกิจเกษตร ฝ่ายกิจการตลาด ฝ่ายกิจการภูมิภาค และฝ่ายพัฒนาธุรกิจ

รายละเอียดผังโครงสร้างส่วนงาน อ.ต.ก. (เพิ่มเติม)​